Овіяні легендами підземелля Острозької академії – теж частина музейного комплексу НаУОА. В період функціонування монастиря, підвали під костелом мали культове призначення і використовувалися для поховань заслужених осіб – фундаторів та меценатів, членів їх родин. Спеціально для поховань були призначені малесенькі кімнати в підземеллях – крипти. За час існування монастиря тут було поховано 19 осіб, переважно представників волинської католицької знаті. Серед них – фундатор обителі Ян Самуель Лубковський та його родина, а також родина Єло-Малинських, які теж були фундаторами монастиря.
Після закриття монастиря у 1832 році, поховання були знищені солдатами царської армії, які були розквартировані в Острозі. А потім підземелля не використовувалися понад 160 років. В радянський час сюди скидали шлак з котельні та будівельне сміття.
Впорядкувати підземелля вдалося вже за часів відродженої академії. Перші студенти під керівництвом острозьких археологів розчистили усі підвальні приміщення. В процесі досліджень і розчистки були віднайдені кістки людей, що раніше були тут поховані. Простір підземель виглядає так, як виглядав за часів капуцинів, людські кістки, знайдені під час розчистки перепоховано у чотирьох бічних криптах.
Підземелля монастиря капуцинів – особливе і містичне місце. Усі, хто тут побував говорять, що не відчувають страху чи дискомфорту, а навпаки – умиротворення та особливу енергетику. Дійсно, місця, де довгий час звучала щира молитва, мають особливу ауру. Не дивно, що підземелля Острозької академії отримали свої легенди. Одна з них, складена студентами університету, говорить про те, що успішна сесія гарантована, якщо провести одну ніч в підземеллях. А дехто стверджує, що бажання, які загадують у криптах, збуваються.
Зараз відвідування підземель можливе лише під час екскурсій.
