Експозиція історії Острозької академії знаходиться у старомонастирському корпусі університету та ілюструє історію Острозької академії 1576-1636 рр. та відродженої академії з 1994 р. до сучасності. Доповнює експозицію відтворення інтер’єру кабінету першого ректора академії Герасима Смотрицького.
На жаль, документального комплексу джерел, які б розкривали вповні історію Острозької академії не збереглося. Аби відтворити і візуалізувати весь перебіг заснування та діяльності академії, в музеї розроблено експозицію, в якій відтворено основні події та етапи в діяльності першого вищого навчального закладу східної Європи.
З оригінальних речей в експозиції представлені монети, кахлі, посуд XVI-XVII ст., знайдені студентами історичної та культурологічної спеціальностей на археологічних розкопках, які проводились під керівництвом археологів Олександра Бондарчука та Олексія Войтюка. Історію Острозької академії ілюструють цікаві експонати та портрети її діячів, виконані відомим художником Юрієм Нікітіним.
Родзинкою експозиції є копія конспекту студента Острозької академії з поч. XVІI ст. Навчання велося декількома мовами. Студенти або спудеї вивчали грецьку, латинську та церковнослов’янську, а також польську і, можливо, арамейську. Конспект свідчить, що студентські традиції майже не змінилися за 400 років, адже тут є записи з трьох різних предметів: арифметики, риторики та астрономії. Це цінне джерело для розуміння того, як виглядав навчальний процес в Острозькій академії.
Окрема кімната присвячена новітній історії Острозької академії. Хронологія відродження та розвитку навчального закладу, доповнена указами президентів, документами, фотографіями та подарунками від численних гостей НаУОА.
В музеї зберігається 27-й міжнародний приз “За якість”, яким була нагороджена академія 22 березня 1999 року в Парижі за високу якість навчальних технологій.
