Музейний комплекс НаУОА розташований у приміщеннях XVIII ст., які є пам’яткою архітектури місцевого значення. Інші університетські будівлі теж зводилися у різний час та пов’язані з діяльністю різних навчальних закладів.Тому, експозиція, що присвячена історії будівель, у яких розташована сучасна академія, є окремим розділом університетського музею.
Першими власниками приміщень були монахи капуцини. Монастир братів менших капуцинів існував з 1775 по 1832 рр. Після цього в цих приміщеннях розміщувалось жіноче училище ім. графа Дмитра Блудова (1865-1923 рр.).
У міжвоєнний період в будівлях, які раніше належали монастирю, розмістилась польська вчительська семінарія, а після 1945 р. – радянське педагогічне училище, оскільки територія відійшла до СРСР. Пізніше тут функціонувала середня школа-інтернат (1956-1986 рр.), санаторна школа для дітей із затухаючими формами туберкульозу (1986-1992 рр.), середня школа №4 (1992-1994 рр.). Вже в 1994 р. всі будівлі були передані Острозькій академії. В експозиції представлені документи та речі, що належали попереднім власникам комплексу приміщень сучасної академії.
В одній із залів працівники музею відтворили інтер’єр монастирської кухні, адже до сьогодні збереглася внутрішня монастирська криниця, яка є одним з найцікавіших експонатів експозиції. Про її існування довгий час не було відомо. В часи функціонування монастиря капуцинів, ця кімната була кухнею, і криницею користувались монахи. Після закриття монастиря царською владою приміщення занепали, потім використовувалися для потреб різних навчальних закладів. За деякими даними криницею користувалися ще навіть у післявоєнні роки ХХ ст. Проте, згодом, надземна частина криниці була зруйнована і на рівні підлоги криницю накрили дошками. З плином часу про неї забули і в часи школи-інтернату приміщення було спальним корпусом для хлопчиків. Діти, не знаючи, що ліжко в кімнаті стоїть на криниці, часто хворіли. Загадка капуцинського колодязю відкрилася уже в часи відродження академії. Криницю віднайшли під час ремонтних робіт. Сьогодні її глибина сягає 25 метрів. Туристи та гості академії часто кидають монети під час екскурсії, створюючи власні легенди про це місце.
